Ne conseguì l’avvio di una capillare ricognizione nel territorio che vide il trasferimento nei locali dell’Episcopio di un ingente patrimonio ecclesiastico che in occasione della Campagna di inventariazione dei beni culturali mobili CEI-OA, promossa dalla Conferenza Episcopale Italiana fin dal 1997, fu recuperato alla conoscenza, costituendo attualmente il nucleo essenziale delle collezioni museali.
L’edificio che ospita al pianterreno il Museo è quanto resta del Palazzo arcivescovile ricostruito alla fine del Settecento sulle rovine del preesistente, sorto accanto alla Cattedrale alla fine del XVI secolo. Si tratta di un corpo edilizio tardo-settecentesco scampato ai crolli causati dal terremoto del 1908 e ai bombardamenti aerei del 1943, successivamente destinato a deposito, mensa sociale, poi sede di associazioni sino alla metà degli anni Ottanta quando, imponendosi quale una delle rare persistenze architettoniche tardo-settecentesche a Reggio, si decise di farne la sede del Museo diocesano.